2015-09-01から1ヶ月間の記事一覧

BioLinux/Ubuntu(4) 公開鍵認証を利用したSSHによるリモート接続(Windows10=>BioLinux8)

普段、Windows10が入ったノートパソコンを利用していて、解析を行うためにLinuxの入ったデスクトップパソコンを使うことがあります。 恥ずかしい話ですが、今までデータのやり取りをパソコン間で行うために、外付けのハードディスクを使って行っていました。…

BioLinux/Ubuntu(3) CPU・メモリの負荷状態を視覚化するツール - sysmonitor

CentOSを利用していたとき、CPU・メモリの負荷状態を視覚化するツールが常駐しており、今どれくらいの負荷状態にあるか確認できて便利だなぁと感じていました。 UbuntuやBioLinuxではそのような可視化ツールは入っていないので、適当なツールを導入したいと…

BioLinux(2) BioLinux8の思わぬ落とし穴 - ログイン時のシェルは"bash"ではなく"zsh"

BioLinux8はLinuxディストリビューションであるUbuntu14.04をベースにつくられており、あらかじめバイオインフォマティクス解析用のソフトウェアがインストールされているから初心者向きだと聞きますが、思わぬ落とし穴があったので紹介します。 Ubuntu14.04…

BioLinux(1) BioLinux8をデスクトップパソコンにインストールしてみた

BioLinux8は、Linuxのディストリビューションの1つであるUbuntu14.04をベースに作られたバイオインフォマティクス解析に特化したLinux OSです。 <a href="http://environmentalomics.org/bio-linux/" data-mce-href="http://environmentalomics.…

Python(1) PyCallGraphを利用したコードプロファイリングの可視化

最近Pythonを使って、特定のmicroRNAが結合するSeed配列をmRNAの配列中から探索して、さらに種間保存性や配列の特徴を解析するスクリプトを思いつくままに書いたのですが、 実行してみて、そのスクリプトがやたら遅いことに気づきました(-_-;) 「1つのmiRNA…