データベース関係(1) miRBase Tracker - 地味に便利なmiRBaseのバージョン比較データベース
miRBaseは言わずと知れたmiRNAのデータベースですが更新のペースが早く(近年では年一回ペースと落ち着いている)、登録されているmiRNAのレコードが変更されたり、削除されることもしばしばです。
アクセッション番号はもちろん変更されることなく普遍的な番号になっているのですが、miRNAの名称自体はころころ変更されています。
これによってどのような問題が生じるかというと、例えば、ある論文ではmiRBase v16時点でのmiRNA名称を使用していて、miRBase v20での正式名称はどうなっているを簡単に参照することができないとか…。
それ以外にも、次世代シーケンサーのデータでmiRBase v16で集計されたものと、miRBase v19で集計されたものを比較したい時に、どのmiRNAのレコードが削除されていたり変更されているか確認しておきたいなんてことはありませんか(そのくらい自分で比較して調べろって話かな)。
そんなちょっとした問題を解決してくれるのが、
というデータベースです。
論文はこちら。
以下は、データベースの詳細になります。
(1)特定のmiRNAに関して、どのバージョンで名称などの変更がなされたか視覚的に確認することができます。
(2)最新の情報を確認することができます。旧バージョンから変更されている点が一目瞭然。
(3)miRBaseに登録されているmiRNAのデータをすべて比較した対応表。2つの異なるバージョン間の比較ができます。また、その情報をダウンロードすることも可能です。おそらく、一番使える情報なのでは。
こんなデータベースもあるんですね。GencodeやRefSeqなどのアノテーション情報もこのように見やすい形でバージョン間の比較をしてもらえると嬉しいなぁ。