NGS関係(2) Adapter sequence letter for illumina customers

smallRNA-seqやCLIP-seqなどシークエンスされたリードにアダプター配列が入っています。これは、smallRNAやRNA結合タンパク質に結合しているRNA配列の長さが短いため、アダプター配列まで読まれているためです。

そのため、例えばilluminaが出している「TruSeq Small RNA Sample Prep Kit」を使ってシークエンスしたデータに関しては、下記のURLから、illuminaが提供しているアダプター配列に関する情報を入手してアダプター配列をトリミングする必要があります。

また、CLIP-seqに関しては、PAR-CLIPであれば基本的に下記の論文に記載されているアダプター配列を使用しているようです。